Ancien élève de l’école spéciale militaire de Saint-Cyr, il sert plusieurs années au sein du 2èmerégiment étranger de parachutistes dont il devient chef de corps de 1996 à 1998.
Breveté de l’école de guerre, il commande une promotion d’élèves-officiers de l’école spéciale militaire de Saint-Cyr à Coëtquidan de 1989 à 1992 et effectue plusieurs séjours en état-major. Il sert également plus de deux ans en opérations en ex-Yougoslavie en 1994-1996 et au Kosovo en 1999.
Successivement chef du CPCO (centre de planification et de conduite des opérations, 2002-2004), commandant des opérations spéciales (2004-2007), sous-chef opérations à l’état-major des armées (2007-2008), il est nommé directeur du renseignement militaire de 2008 à 2010.
Il est nommé chef de l’état-major particulier du président de la République et est élevé au rang et appellation de général d’armée en mars 2010. Il sert successivement le Président Nicolas Sarkozy, puis le Président Hollande, notamment dans le cadre de la gestion des opérations (Afghanistan, Libye, RCI, Mali, et RCA).
En septembre 2016, le général d’armée Benoît Puga prend les fonctions de grand chancelier de la Légion d’honneur et de chancelier de l’ordre national du Mérite.
Il est grand’croix de la Légion d’honneur et grand’croix de l’ordre national du Mérite. Il est titulaire de la Croix de la valeur militaire avec huit citations.